ภายในถ้ำมีลักษณะคดเคี้ยวมีระยะทางจากปากถ้ำจนถึงทางออก ประมาณ 4 กิโลเมตร สิ่งที่โดดเด่นของถ้ำแห่งนี้ที่สำคัญคือการพบซากดึกดำบรรพ์ของช้าง และ แรดสมัยไพลสโตซีน โดยเฉพาะอย่างยิ่งช้าง สกุล สเตโกดอน ซึ่งเป็นที่มาของการเรียกชื่อถ้ำแห่งนี้ว่า ถ้ำเล สเตโกดอน ซากดึกดำบรรพ์ ดังกล่าวเป็นซากกระดูกขากรรไกรพร้อมฟันกราม ซี่ที่ 2 และ 3 ด้านล่างขวาของช้างดึกดำบรรพ์เชื่อกันว่าการพบเจอฟันกรามช้างสกุล สเตโกดอน เป็นจุดกำเนิดเรื่องราวการศึกษาค้นคว้าทางธรณีวิทยาในจังหวัดสตูล
นักท่องเที่ยวจะได้สัมผัสกับป่าชายเลน โดยการต่อเรือไปขึ้นบกที่ท่าเรือท่าอ้อย ด้วยระยะทางประมาณ 4 กิโลเมตร โดยน้ำในถ้ำจะได้รับอิทธิพลจากน้ำในลำธารและน้ำทะเลขึ้นลงเป็นประจำทุกวัน การท่องเที่ยวภายในถ้ำจะต้องพายเรือลอดถ้ำ และต้องพิจารณาระดับน้ำในถ้ำแต่ละวันด้วย
สำหรับใครที่หา ที่เที่ยวเกาะหลีเป๊ะ ที่พักเกาะหลีเป๊ะ คาเฟ่เกาะหลีเป๊ะ เพิ่มเติม ดูตามนี้ได้เลย